1.国家基本药物目录，是医疗机构配备使用药品的依据，包括两部分:基层医疗卫生机构配备使用部分和其他医疗机构配备使用部分。基本药物目录中的药品是适应基本医疗卫生需求，剂型适宜，价格合理，能够保障供应，公众可公平获得的药品，中国自2009年9月21日起施行国家基本药物目录。

2.《国家基本医疗保险和工伤保险药品目录》（简称《药品目录》）是基本医疗保险、工伤保险基金支付药品费用的标准，临床医师根据病情开具处方和参保人员购买与使用药品，目录药品和医保报销相关。

1、作用不同：国家《基本药物目录》主要用于指导临床医师合理选择用药品种，通过引导药品生产企业的生产方向，保证基本药物的市场供应。而《基本医疗保险药品目录》的主要作用为了控制基本医疗保险支付药品费用的范围，是社会保险经办机构支付参保人员药品费用的依据。其目的是为了保障参保人员的基本医疗需求，保证医疗保险基金的收支平衡。

2、制定的依据不同：国家《基本药品目录》主要考虑药品临床使用的合理性和安全性，以及全社会的基本用药水平。而《基本医疗保险药品目录》在考虑参保人员用药安全和疗效的同时，重点要依据基本医疗保险基金的承受能力，要考虑药品的价格因素。

3、应用范围不同：国家《基本药物目录》适应全社会所有人群，而《基本医疗保险药品目录》适用范围是参加了基本医疗保险的参保人员